Výzkumné centrum pro teorii a dějiny vědy tvoří tři výzkumné týmy, které se zaměřují na filosofii vědy a dějiny vědy v obdobích antiky, novověku a 20. století. V rámci těchto oblastí se pak zaměřují na zkoumání filosofických, kulturních a náboženských aspektů historie vědy, stejně jako na aktuální problémy spojené s teorií vědy. V rámci dějin vědy je preferován interdisciplinární přístup ve shodě s přesvědčením, že může vést k hlubšímu porozumění studovaných jevů a vyústit v neočekávané a originální vysvětlení jednotlivých událostí v dějinách vědy. Tento směr výzkumu zahrnuje též dějiny vědeckých termínů, metafor ve vědě užívaných a dějiny vědeckých metod. V rámci filosofie vědy se centrum zaměřuje na filosofii matematiky, interakci filosofie s kognitivními vědami a usiluje o nové interpretace klasické filosofie vědy. Obecně lze říci, že cílem centra je podporovat vytváření užšího propojení mezi filosofií a vědou.
